As pequenas pausas não contam?

Claro que contam.

O período normal de trabalho é constituído pelo número de horas de trabalho (trabalho efectivo ou disponibilidade) que o trabalhador se obrigou a prestar, nele estando incluídos, entre outras:

As interrupções de trabalho, consideradas tempo de trabalho pelas convenções colectivas de trabalho (pequenas pausas);
Os intervalos para refeição em que o trabalhador tenha de permanecer no espaço habitual de trabalho ou nas suas proximidades;
As interrupções ocasionadas por falta de matéria-prima ou energia ou por motivos climatéricos.
Artº 2º da Lei 73/98